Структурата на борния карбид се състои главно от неговата сложна кристална структура, която е характерна за боридите, центрирани върху икосаедри. В кристалната структура на борния карбид B₁₂икозаедрите образуват ромбични решетъчни единици около CBC веригата в центъра на единичната клетка (пространствена група, константа на решетката=0.56 nm и c=1.212 nm). Всички въглеродни атоми свързват три съседни икосаедра, образувайки мрежова равнина и подреждайки се по оста c, за да образуват слоеста структура. Двете основни структурни единици на решетката са B₁₂икозаедри и B6 октаедри. 12
Кристалната структура на борния карбид има шестоъгълна ромбовидна решетка с 12 B атома и 3 C атома в единичната клетка. Неговата кристална структура се състои от плътно свързани 12-атомни икосаедри, подобни на бакибол, разположени във върховете на ромбовидната решетка. Структурата е завършена от 3-атомна линейна верига, пресичаща най-дългия диагонал в посока r. Борният карбид може да има B11C (богат на C B4C има 11 B и 1 C атоми) или B12 (богат на B B13C2 има 12 B атома) икосаедри и CBC линейни вериги.
В допълнение, ромбоедричната структура на борния карбид включва 12 икосаедрични атомни клъстера, които са свързани помежду си чрез ковалентни връзки и имат верига от три атома по диагонала на ромбоедъра. Додекаедричната структура на полибора е разположена във върховете на ромбоедъра. Борните атоми и въглеродните атоми могат да се заменят взаимно в икосаедъра и в атомната верига, което е основната причина, поради която борният карбид има толкова много изомери. Най-широко приетата B4C структура има B11C икосаедър и CBC атомна верига.
В обобщение, кристалната структура на борния карбид е сложна мрежа, съставена от основни структурни единици като икосаедри и октаедри, с висока симетрия и стабилност. Тези характеристики правят борния карбид да се представя добре в промишлени приложения, особено в устойчиви на износване материали, абсорбери на неутрони в областта на ядрената енергия и др.